Metoda perturbace volné energie (FEP) je jedním z nejpřesnějších výpočetních přístupů k odhadu afinity malých molekul k biologickému cíli. Její aplikace ve farmaceutickém objevování léčiv se v posledním desetiletí neustále zvyšuje. To je z velké části způsobeno zvýšením propustnosti metody v důsledku pokroku v hardwaru a zvýšením efektivity pracovních postupů. V tomto ohledu jsme nedávno vyvinuli QligFEP, softwarový balíček v jazyce Python založeném na simulačním enginu Q, který se od většiny metod liší tím, že pro reprezentaci vazebného místa používá sférické okrajové podmínky. Spolu s duální topologií reprezentace souřadnic ligandu nabízí tento přístup výpočetně efektivní a všestranný balíček, který jsme nedávno porovnali na případových studiích osmi farmaceutických cílů pomocí openforcefield (nepublikovaná data, prezentovaná v této práci). Ukážu také některé případy použití v projektech medicinální chemie, kde uvidíme, jak tyto simulace mohou informovat a vést návrh nových sloučenin.